磷酸化蛋白质组
翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，在生命现象的许多关键调节机制中，蛋白质的磷酸化是重要的翻译后修饰，它与信号传导，细胞周期，生长发育以及癌症机理等诸多生物学问题有密切关系。
iTRAQ同位素标记差异蛋白分析技术
iTRAQ技术（同位素相对标记与绝对定量技术）是目前进行蛋白质组研究的最新技术,可以一次实现上千种蛋白质的分离和鉴定，具有定量效果好、重复性好等多种优点。
SILAC定量蛋白质组
2002年，丹麦Mann实验室的OngSE等对AACT技术作了进一步改进，建立了SILAC技术并首次应用于定量蛋白质组研究，为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案。